實現全民醫保，是整個醫療衛生體制改革的突破口。全民醫保的核心制度，包括醫療籌資和付費兩個方面，即錢如何籌集起來、如何花出去。
《關于深化醫藥衛生體制改革的意見（征求意見稿）》（以下簡稱《征求意見稿》）從這兩個方面對未來的醫療衛生體制進行了初步設計，其中新的付費機制尤其令人矚目。新的付費機制的探索，有望重新定義“醫保機構”，讓醫保機構不再簡單地充當資金保管和出納單位，而成為真正撬動整個醫藥衛生體制改革的強力杠桿。
醫保重點保大病還是保常見病？ 在《征求意見稿》中，“覆蓋城鄉居民的基本醫療保障體系，堅持廣覆蓋、�；尽⒖沙掷m的原則，從重點保障大病起步，逐步向門診小病延伸，提高保障水平�！�
對此，我國著名醫療體制改革研究專家、國務院研究發展中心社會發展研究部副部長葛延風10月12日在湖南省所有縣級衛生局局長培訓班上說，不少人主張，醫療保障特別是政府主導的醫療保障重點應保大病，因大病費用高，個人和家庭難以承擔，常見病、多發病花費少，可以由個人和家庭承擔。他認為，基于中國國情，政府主導的醫療保障重點只能是常見病和多發病，中國的經濟顯示決定了保大病的思路行不通！
針對部分低收入居民看不起病的問題，有人主張政府應建立專門針對貧困者的保障制度，中高收入群體因有支付能力，可以自己承擔責任。葛延風認為：普惠方式更好，醫療風險的不確定比較大，需對所有人提供保障，針對特定人群不容易組織，專門針對貧困群體實施保障，還難以避免貧困陷阱問題，導致群體間矛盾。
以醫保預付制取代病人報銷制？ 隨著全民醫保的形成，民眾看病治病的錢越來越多地匯集到了醫保機構手中，這筆錢如何才能更好地為民眾服務、為患者服務？
《征求意見稿》提出：“積極探索建立醫療保險經辦機構與醫療機構、藥品供應商的談判機制，發揮醫療保障對醫療服務和藥品費用的制約作用�！�
此外，要“強化醫療保障對醫療服務的監控作用，完善支付制度，積極探索實行按人頭付費、按病種付費、總額預付等方式，建立激勵與懲戒并重的有效約束機制”。
這兩段文字透露出來的改革內容，明顯參照了此前媒體公布的“北師大方案”，說明未來我國可能建立新的醫療付費機制，即醫療保險機構第三方購買機制。北師大醫改方案的牽頭人顧昕教曾表示：醫療保障體系有兩大功能，第一是把平時分散在老百姓中的看病治病的錢籌集上來，第二是把錢花下去，來購買醫療服務。把錢籌上來形成的團購能力，才能把錢很好地花下去，花的時候才能控制醫療機構的行為，控制“看病貴”的趨勢。基本操作方法是：政府的醫療保險機構向醫療機構直接購買服務，按照參加醫療保險的人數，通過核算確定每個人每年的基本醫療費用，政府直接向醫療機構支付。患者無需向醫院付費，而是直接將保費交給政府的醫療保險機構。
