綜合工時制工作的企業超出標準工時的補充

問題：

我在一家企業工作快三年了，因為公司實行的是以年為周期的綜合工時制。是每星期工作六天，休息一天。超出標準工時制的時間，公司答應會按照勞動法規定給予調休或補償，我們員工是同意的。工作一年以后我們員工算了一下，已經超出標準工時制很多時間，而且公司也沒有給予調休。我們就向公司提出對具體超出的時間要求給予補償，但是公司以種種的理由遲遲不給予答復。公司還通過律師的幫助，針對這個問題公司對員工的工資結構作了調整，從工資中劃出了一部分說是做為周六上班加班補貼。采取控制周六上班，對于公司這種變相降工資行為，我接受不了就提出了辭職。辭職后我向公司要求把超出標準工時制的時間補償給我，公司領導說現在還不能答復我，結算也要和公司在職員工統一結算。具體要等到新的工資結構調整后的情況才能給予答復，如果實行的正常，就說以前公司工作時間安排的不合理，周六不應該來，按照現在實行的工資結構調整情況和以前對比，超出的時間已經付過工資。請問公司這種做法合法嗎？超出的工作時間是否可以要求補償，補償的方法有哪些？是按照加班進行補償嗎？我咨詢的問題請您們盡快給我答復。謝謝！還有一個問題是加班費的結算，是不是可以按基本工資，就是當地最低保障工資的1、5倍計算。如果這樣的話加班還沒有我正常上班的小時工資高，因為我的工資分為基本工資和崗位工資的。謝謝！

專家解答：